本處最初僅有造林組、業務組及總務組等三組；至今發展成育林組、經營組、研究發展組、育樂及推廣組、總務組及會計室等五組一室。現行組織規程，設置處長一人，由農業暨自然資源學院院長就相關系所遴選專任副教授以上教師，送請校長聘兼之。其組織系統如下：本處以管理實驗林，保育森林資源並配合教學，便利師生實驗研究實習，實現示範經營及推廣為目的。 秘書承處長之命，襄理處務並掌理重要印信、典守事項，對應辦業務之策劃與技術之研究改進事項負其責任。

本處現行組織規程，置處長一人，由農業暨自然資源學院院長就相關系所遴選專任副教授以上教師，送請校長聘兼之。其下設研究發展組、育林組、經營組與育樂推廣組等四個業務單位，另設秘書、總務組、主計室、人事管理員支援行政工作，協助業務推動並經營管理四個林場。全處之員工編制員額（含林場）有研究人員2名、組長2名、技正4名、技士7名、技佐3名、組員1名、主計主任1名、人事管理員1名，共計21名職員，另有20名技術工友協助相關業務。

(一) 經營組

經營組之職掌如下：

1. 會同各單位編訂本處之森林經營計畫。

2. 森林經營預算之編訂、執行與督導。

3. 林地之經營規劃、測繪與管理。

4. 各林場林道系統之規劃、修築、維護與管理。

5. 各林場林木蓄積量之調查及伐木計畫之彙編。

6. 保安林經營管理。

7. 租地造林及林地特別放租案件。

8. 集水區之經營管理。

9. 各項森林病、蟲、獸害、火災、盜取(運)濫墾、竊佔之防治(範)與取締。

10. 伐木跡地之檢查。

11. 各項森林災害、經營資料之整理、彙存與填送有關機關。

12. 其他有關森林經營與保護事宜及處長交辦事項。

(二) 育林組

育林組之職掌如下：

1. 造林計畫及預算之編訂、執行與督導。

2. 森林植物之育種及苗木之培育及病蟲害等之防治。

3. 人工造林及天然更新。

4. 林木之撫育及管理。

5. 植物種原園及母樹林之規劃、設置與管理。

6. 伐木計畫之執行及管理。

7. 木材市場之調查及分析。

8. 森林主副產物之標售及專案核准林產物之處理。

9. 協同經營組對林產物搬運路線之規劃、開設及維護。

10. 林產物之貯存。

11. 育林、伐木資料整理彙存與填送有關機關。

12. 其他有關育林與林產事項及處長交辦事項。場

(三) 研究發展組

研究發展組之職掌如下：

1. 本處各項教學、實習、試驗、研究計畫及預算之編訂、執行與督導。

2. 協助本校各單位及各學校（機關）在各林場所舉辦之各項教學、實習。

3. 各林場各項基本資料（氣象、生物、地質、水文：：等）之調查、收集、分析、整理與保管。

4. 林業研討與講習會之舉辦。

5. 本處各單位人員林業專業訓練之舉辦。

6. 針對各林場經營上所遭遇的專業問題，規劃成立專案小組，予以處理。

7. 動物及觀賞植物之引進、培育與保護。

8. 本處同仁至國內、外林業專案考察及研究之辦理。

9. 協助育林組，對各植物種原園、母樹園之規劃與設立。

10. 林業陳列館、植物標本園之規劃與設立。

11. 林業研究成果資料之蒐集、編輯出版及提供資訊服務。

12. 林業資料統計分析與圖書雜誌之維護及管理。

13. 其他有關研究發展事項及處長交辦事宜。

(四) 森林育樂及推廣組

森林育樂及推廣組之職掌如下：

1. 森林育樂與推廣業務之計畫及預算編訂、執行與督導。

2. 森林育樂資源之調查與保育。 3. 森林育樂事業之規劃與經營。

3. 森林育樂設施之設置與管理。

4. 森林育樂從業人員之訓練。

5. 森林育樂業務各項統計資料之整理彙存與填送有關機關。

6. 林業知識及技能之編印、出版、宣傳、輔導、推廣、協助、訓練等。

7. 其他森林育樂及推廣有關事項及處長交辦事項。

(五) 總務組

總務組之職掌如下：

1. 總務經常費用之計畫及預算編訂、執行與督導。

2. 財產之購置登記、清查及保管（林產物除外）。

3. 地籍資料之管理。

4. 文書處理及檔案管理。

5. 房屋、水電及其他土木工程等之修建、維護與管理。

6. 機械及車輛之裝置、保養與管理。

7. 員工薪津及福利業務之編製發放與管理。

8. 勞工勞保、健保案件之核簽、擬辦。

9. 本處技工、工友之管理。

10. 開會通知及會議記錄。

11. 環保及勞工安全衛生業務。

12. 其他不屬於各組職掌事項及處長交辦事項。

(六) 會計室：

會計室受上級會計機關之指揮監督，並依法受本處處長之指揮，其職掌如下 ：

1. 本處預算之籌劃、彙編及追加、流用、移用之擬議。

2. 預算之分配、執行、控制與監督。

3. 決（結）算報告之編報、分析、解釋。

4. 原始憑證之審核。

5. 會計人員之任免、遷調、考核、獎懲、訓練之擬辦。

6. 有關增進財務效能及減少不經濟支出之研究及建議。

7. 林業會計制度研究改進之建議。

8. 會計憑證之編製、簿籍之登記、報表之編報及保管。

9. 營繕工程及物品採購之監標、監驗。

10. 財產增減、保管、移轉等會計業務之處理及折舊之會核。

11. 債權、債務之催辦、清理。

12. 財務收支之稽核。

13. 資金之策劃與調撥。

14. 有關林業統計事項及處長交辦事項。

(七) 人事管理員

人事管理員受上級人事機構及受本處處長之指揮監督，其職掌如下：

1. 人員任免、遷調、分發之核簽、擬辦。

2. 調、赴任之查催及程限之稽核。

3. 就、離職通知單之核填。

4. 級俸之簽擬。

5. 應徵（召）人員留職停薪、回職等動態之填報及核轉。

6. 本處各單位主管之交接及宣誓。

7. 平時成績、功過之核簽、擬辦。

8. 本處人員糾舉、彈劾、獎懲、控告，停（免）職與復職、補薪案件之擬議及核轉。

9. 考績、獎懲之籌辦及核轉。

10. 退休、撫恤案件之審議及核轉。

11. 差假、勤惰情形之考查、記錄及值勤之編擬。

12. 有關組織法規之擬議。

13. 權責與職掌劃分之擬辦。

14. 待遇、生活津貼、各項補助、獎金及加給之核簽擬辦。

15. 公務員公保、健保案件之核簽、擬辦。

16. 人事業務之改進建議及有關規章之擬訂、審議。

17. 職員人事資料建立、異動、登記、保管。

18. 其他有關人事業務事項及處長交辦事項。